與在庫短少相反的就是在庫盈余了，【進口-出口*單耗-實際在庫】小于零有兩種情況。
第一種：保稅料件理論在庫【進口-出口*單耗】大于或等于零。
這種情況是正常的，起碼是看不出異常。保稅料件的在庫盈余只需向海關簡單說明是正常盤點誤差原因。需要繼續生產使用的，向海關申請將在庫盈余數量納入保稅監管，也就是增加保稅料件的理論在庫數量。不再繼續生產使用的，要向海關申請內銷補稅，然后才可以在國內銷售或廢棄。當然也可以申請剩余料件退運出境。
有企業根據保稅料件理論在庫數量，瞞報，少報剩余料件數量，使【進口-出口*單耗-實際在庫】等于零，順利完成手冊/賬冊報核后，再將剩余料件在國內銷售處理。這也是擅自處置保稅料件的行為，而且在稽查和核查時很容易被發現。
第二種，保稅料件理論在庫【進口-出口*單耗】小于零。
這種情況則有可能是異常的。企業如果有深加工結轉進口，在次月15日前完成手續之前，手冊理論在庫都是負數。同樣企業如果有集中申報進口，例如從綜合保稅區集中申報進口，在集中申報未完成之前，手冊的理論在庫也都是負數。排除了上述情況后仍然是負數的，則要確認單耗是否有錯誤，最后確認有無不同手冊之間，項目之間的串料，有無保稅和非保稅料件的串料。總而言之，找到負在庫產生的原因后，才能根據不同情況進行處置。首先看企業是否有時間，有能力將錯誤的在庫調整過來。如果無法調整，則要向海關報告，不然無法完成核銷。因為在庫為負數而被海關處罰的案例也有，但是不多，根據不同原因將負數清零后才可以處理料件盈余。同樣的也是重新納入保稅監管，或補稅，或退運。
海關人愛心匯聚“兒童村”澳洲種羊乘坐包機抵達蘭州德國輸送系統深圳皇崗口岸進口清關代理進口代理報關公司|進口報關是一個遵紀守法的公司在進口貨品的時候需要做的重要工作之一加工中心如何報關需要哪些資料意大利海運港口：斯庫索港（portoscuso）東莞進口報檢流程上海海關深化關企合作支持自主創新
