從事加工貿易的生產企業，首先要選擇的就是向海關備案加工貿易電子手冊還是加工貿易電子賬冊。目前海關對加工貿易電子賬冊的申請條件是零門檻，就看企業根據自身的情況來選擇備案方式。
電子手冊是以往紙質合同的電子化，以加工貿易合同為單元進行管理，一家企業可以有多本電子手冊，有效期一般為1年，到期前要向海關申請核銷或者延期。電子賬冊以企業為單元進行管理，一家企業只有一本電子賬冊，沒有有效期，但有核銷周期，一般也為1年。
電子手冊要同時備案進口料件，出口成品和單耗，要按生產計劃備案進出口數量。電子賬冊的備案比較靈活，進口料件和出口成品及單耗可以分開不同時間向海關提出備案，而且不需要備案進出口數量。
無論是備案電子手冊，還是電子賬冊，都屬于海關所謂的聯網監管企業。其實最初聯網監管的設想是企業erp數據與海關系統聯網并實現數據實時傳送，經過試點推行并無法實現。現在的聯網監管叫做電子監管比較恰當，即企業通過電子口岸或是報關軟件向海關報送加工貿易電子手冊，賬冊數據。所以電子賬冊和電子手冊之間只是監管方法和備案方法有所不同，并不是說電子賬冊就比電子手冊高級。
什么樣的企業適合電子手冊呢？第一，產品生產銷售周期短，在一年左右的；第二，不同產品之間的通用料件沒有或較少。第三，成品，料件種類都比較少。例如一家企業接到三個訂單，分別是生產打印機零件，電腦零件，手機零件，而且生產計劃都在1年左右，這樣用電子手冊比較合適。再比如企業只接不同規格型號的打印機零件訂單，而這些成品之間有很多通用的料件，就算是生產計劃在1年之內，也建議使用電子賬冊。目的是防止不同電子手冊之間的串料。
什么樣的企業適合電子賬冊呢？第一，高級認證企業。適用電子賬冊聯網監管的高級認證企業，有可能免于盤庫核查或減少盤庫核查的抽查比例。這個優惠政策只有備案電子賬冊才能享受。第二，產品生產銷售周期在一年以上；使用沒有有效期限制的電子賬冊就不需要在新舊電子手冊之間轉料。第三，不同產品之間的通用料件很多；一本電子賬冊可以有效避免串料。第四，成品及料件種類繁雜。電子賬冊的備案方法更靈活，更適合備案復雜的加工貿易數據。
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