四、企業遺失海關簽發的出口貨物退稅專用報關單可以補辦，補辦時間為自該出口貨物辦結海關出口監管手續之日起6個月內。補辦時，企業應先到主管其出口退稅的地（市）國家稅務局申請，稅務機關經核實出口貨物確實未辦理過退稅后，簽發《關于申請出具（補辦報關單）證明的報告》。企業得到《報告》后，應該到出口貨物原簽發海關去辦理補辦報關手續。海關憑《報告》補簽出口貨物退稅專用報關單。
五、企業開展進料加工業務出口貨物辦理出口退稅，必須持外經貿主管部門批件，先送主管其出口退稅的稅務部門審核簽章，稅務部門逐筆登記并將復印件留存備查。海關憑有主管出口退稅稅務部門印章的外經貿主管部門的批件，方能辦理出口料件“登記手冊”。企業因故未能執行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理注銷手續。
六、外商投資企業辦理出口貨物退稅，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》和國務院有關規定，對1994年1月1日以后辦理工商登記的外商投資企業生產出口貨物，符合《出口貨物退（免）稅管理辦法》的在辦結海關出口手續后，可申請辦理出口貨物退稅專用報關章。
七、出口貨物遇特殊情況發生退關或退運，如海關已簽發了出口貨物退稅專用報關單，報關人需將該報關單退交海關；如企業以交國家稅務局辦理了退稅手續，則應向稅務局申請《出口商品退運已補稅證明》，在辦理退關或退運報關時隨報關單等一并遞交海關，才予辦理退關或退運。
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