高級認證內部審計既要對進出口活動進行內部審計，也要對持續符合高級認證企業標準進行審計。可以合并在一次審計活動進行，也可以分開進行，但每年至少實施一次。
要推進上述的審計活動，企業內部需要建立相應的組織。從工作職能上看應由企業的內部審計部門來負責高級認證內部審計，但是會增加了內部審計部門的工作量。而通關部門是海關高級認證的申請和推動部門，最清楚海關高級認證的要求，但不能擔任進出口活動內部審計，否則就有自己審自己的尷尬了。所以由內部審計部門來負責是最合適的。但并不意味著把高級認證內審大量的工作都甩給內審部門，通關部門和其他與高級認證相關的部門要積極協助。
還有一種組織方法也是海關認可的，即企業內成立專門的高級認證內部審計組織。例如由通關部門，內審部門牽頭，企業內其他與高級認證相關的部門（人事部門，安全部門，物流部門，it部門，財務部門）參加，成立專門的高級認證內部審計組織。該組織接受法人或董事長的領導，并直接向他們報告。
這種高級認證內部審計組織在組建時需要與企業各部門協調，與法人或董事長報告，制作組織圖等資料，相對比較麻煩。但好處在于調動了企業內高級認證相關業務的積極性，廣泛宣傳高級認證的守法意識，培養更多熟悉高級認證標準的人員。企業內各部門都對本部門的高級認證相關業務和要求了如指掌。知道什么該做，什么不該做。
大連海關助力優質農產品暢銷“一帶一路”寧波海關助力寧波保稅區跨境電子商務 進口申報清單突破1億票大關海關“互聯互通”顯成效 企業通關成本月省6萬余元汕頭海關首票市場采購報關單通關優化監管服務 促進科學發展在新時代新征程上積極貢獻海關力量——蘭州海關黨委書記、關長王彥生學習黨的十九屆六中全會精神體會太平海關保稅監管內勤科積極創建東莞市巾幗文明崗（轉載）杭州海關查獲一批限制出境的蟒蛇皮
