進口保稅料件的包裝物料，如紙箱，塑料盒，膠袋等該如何處置呢？對于區外企業，這些物料并不是海關監管貨物，自由處置即可。也有部分地區的海關非常嚴格，在手冊核銷時要求企業按總進口毛重和總進口凈重的差額來補繳稅款，這就是應收盡收了。
而綜合保稅區內的企業就不一樣了。根據綜合保稅區管理辦法的第二十一條，區內企業在加工生產過程中使用保稅料件產生的邊角料、殘次品、副產品以及加工生產、儲存、運輸等過程中產生的包裝物料，運往區外銷售時，區內企業應當按照貨物出區時的實際狀態繳納稅款。也就是說區內企業的包裝物料需要補繳稅款才能出區處理。
福建某跨境電商平臺企業2019年10月至2022年8月間，將網購保稅進口的商品在儲存、運輸過程中產生的從境外進口的包裝物料（廢紙皮）運出保稅區并銷售，獲利60余萬員，但未依規辦理征稅手續。被海關稽查發現并處罰。
像上述跨境電商平臺企業，其包裝物都是來自境外無疑。但區內的加工企業或倉儲企業的料件包裝物料，即有境外進口，也有國內入區的，還有出口后復進口的，如果無法區分，進了區就成為了海關監管對象了。
區內企業如果有較多料件來自國內，最好使用可循環回收使用的包裝材料，與海關協商循環回收的辦法，即環保又節省稅金。
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